Como parte integrante de la Administración Pública Federal, la labor fundamental que le compete al Órgano Interno de Control en el INR, es programar y coordinar los sistemas de control y la evaluación de la gestión en la atención médica que brinda el Instituto Nacional de Rehabilitación, así como lo inherente a su administración, ejecutando los procesos y procedimientos en estricto cumplimiento a la legalidad, logrando el cumplimiento del objetivo sustantivo de la Institución, y en el supuesto de incumplimiento a lo anterior, se tiene la facultad para conocer hasta su conclusión las quejas y denuncias en contra de servidor público adscrito al referido Instituto.